وافق مجلس الوزراء بتاريخ 29/1/2014 على قرار رئيس الجمهورية بتعديل بعض مواد قانون القضاء العسكري[1]. وقد أوحى توقيت التعديل بأنه من مقتضيات الدستور الجديد، الذي نصّ في مادته 204 على وجوب تحديد اختصاصات القضاء العسكري وخصوصا بما يتصل بمحاكمة المدنيين أمام المحاكم العسكرية، وأيضا على استقلالية القضاة العسكريين وعدم قابليتهم للعزل. ولكن، وبخلاف ذلك، لم يشمل التعديل أيا من المواد المتصلة بهذه الشؤون، بل ذهب الى تقريب اجراءات القضاء العسكري الى إجراءات القضاء العادي، على نحو يخشى معه تظهير القضاء العسكري على أنه ضامن للحقوق والعدالة مثله مثل القضاء العادي، ويدحض الاحتجاجات إزاء محاكمة المدنيين أمامه.
وبالفعل، تضمنت التعديلات حق الطعن على درجتين في الأحكام الصادرة في الجنح مثل القضاء العدلي، حيث كان ينص قانون القضاء العسكري في المادة 43 مكرر أن المحكمة العليا للطعون العسكرية هى المختصة "دون غيرها بنظر الطعون المقدمة من النيابة العسكرية أو من المحكوم عليه في الأحكام النهائية التي تصدرها كافة المحاكم العسكرية في جرائم القانون العام على العسكريين والمدنيين"، وكان يطبق عليها الاجراءات المتبعة أمام محكمة النقض. وبناء على التعديل سوف يتم استحداث محكمة جديدة للنظر في الطعون المقدمة على الجنح تكون بمثابة محكمة استئناف.

أما بخصوص عقوبة الاعدام، فقد تم النص على ضرورة أخذ رأى المفتي قبل الحكم بالاعدام كما هو متبع في محاكم الجنايات، وهو الأمر الذي لم يكن ينص عليه قانون القضاء العسكري.

كما تم النص على اعادة تسمية المحاكم العسكرية لتتماشى مع مسميات القضاء العادي الواردة في قانون السلطة القضائية، بحيث تصبح "محكمة الجنح العسكرية"، و"محكمة الاستئناف العسكرية". فضلا عن ذلك، تم النص على تطبيق الاجراءات الجنائية الخاصة بالأحكام الغيابية على القضاء العسكري، وهو ما يعني على سبيل المثال، أن الحكم الصادر غيابيا من القضاء العسكري يستلزم حرمان المحكوم عليه من التصرف في أمواله أو يديرها، كما نصت المادة 390 من قانون الاجراءات الجنائية. ويترتب على ذلك أيضا، على سبيل المثال، عدم سقوط الحكم الصادر من القضاء العسكري بمضى المدة، وانما سقوط العقوبة فقط بمضى المدة كما نصت المادة 394 من قانون الاجراءات الجنائية.